70年代末，南京初步建立起了市、区两级环保工作架构，以工业污染防治为主的环保工作全面展开。进入新世纪，南京环境保护逐步纳入经济发展、城市建设、社会民生等各个领域，在更高层面加快推进。
2003年，南京成功创建国家“环保模范城市”，成为国家推行更严格新标准后首个获此荣誉的省会城市；2016年，南京获得国家生态市命名，成为全国首个获此殊荣的副省级城市。回顾我市生态环境保护发展历程，可以看见效果显著。
一、经济高速增长，环境明显改善
近20年间，GDP增长10倍以上，人口增长50%，人均GDP增长8倍，但二氧化硫、可吸入颗粒物浓度减少均超过一半，接近三分之二。经济增长对工业的依赖更轻，增长模式更优。环境保护对经济发展的长期优化作用非常明显。
十八大以来，2013年至2018年：
空气质量明显改善。全市空气质量优良天数从202天增至251天，增加49天；空气质量优良率由55.3%提升至68.8%，提升率达13.5%；PM2.5平均浓度从78μg/ m3降至43μg/ m3，降幅达44.9%，居全省前列。
减排效果更上层楼。COD排放总量由10.29万吨减至8.08万吨，削减2成以上；氨氮排放总量由1.65万吨减至0.99万吨，削减达4成。
水环境质量稳中有升。全市地表水优于Ⅲ类水质比例从57.1%提升至81.8%，提升24.7个百分点，无劣于Ⅴ类水质断面，区级以上集中式饮用水源地达标率连续保持100%。
二、环保高位推进，持续优化发展
在全面实施控煤减排方面。2013年以来，全市实施污染减排项目800多个，电力、钢铁、水泥行业脱硫、脱硝设施全部建成投运；累计建成各类城镇生活污水处理厂66个。主要污染物化学需氧量、二氧化硫、氨氮和氮氧化物排放总量每年均超额完成省里下达的节能减排任务。
在重点防治大气污染方面。2014年起连续五年出台“冬春季大气污染防控方案”。完成全部10台30万千瓦以上燃煤机组超低排放改造；持续开展扬尘专项整治推动“智慧工地”建设；在省内率先完成“国V”汽、柴油全覆盖。
在推进生态纵深建设方面。坚持把生态建设作为重点惠民工程，让更多市民享有环境改善带来的实惠。加强生态红线保护。划定市级生态红线区域104块，总面积1630.04平方公里，占全市国土面积的24.75%，高于全省平均水平。
在环保领域深化改革方面。制订出台最严格的“产业准入、区域准入”制度改革方案；实行排污权交易；提升排污费标准，并实施全省最严的环境税基准；实施环境网格化监管。
在推动产业转型升级方面。实施现代服务业和先进制造业“双轮驱动”，积极引进符合南京城市发展定位的重大项目。坚持以推进供给侧结构性改革为主线，推动传统制造业向智能化、绿色化、服务化方向转变。
三、严格环境执法，服务社会民生
在全面实行网格化环境监管方面，市、区（园区）、街道（镇）、社区（村）四级网格化环境监管体系基本建成，环保司法联动不断加强，建立了环保举报线索查处信息共享机制，全市环保执法力度不断加强。2015年，新修订的《环境保护法》实施以来，全市累计查处各类环境违法行为7957件，处罚额3.68亿元；累计实行按日计罚90起、查封扣押803起、限产停产202起、移送公安机关行政拘留线索52起；2016年以来，协助公安机关破获污染环境违法犯罪刑事案件81件，向检察机关提起公诉293人，查处了一批环境污染严重、社会影响恶劣的大案要案。
在着力强化风险应急防控方面，大力开展企业环境突发事件风险评估，截至2018年底，南京市重点环境风险源有375家，其中关停和列入“四个一批”企业88家，实际开展突发环境事件风险评估的企业有287家。建立并完善全市重点环境风险企业数据库，对141家较大及以上等级的环境风险企业开展环境安全达标建设工作，并完成“八查八改”现场核查。
四、科学治理污染，打好污染防治攻坚战
全力打好控霾、治水、保土三大战役，推动生态环境质量不断好转，努力补齐全面小康短板，增强市民在良好生态环境方面的获得感。
全力以赴降雾霾。从2014年起，结合落实国家、省“气十条”，每年出台施行南京大气污染防治行动计划年度工作方案，滚动推进大气污染防治。对9家汽车制造企业、289家包装印刷企业和1214家汽修企业开展VOCs整治；实施车辆、油品“双提标”，率先实现“国V”汽、柴油全覆盖，全市域、全时段实行高污染车辆区域限行，提前开展和完成7.8万辆黄标车淘汰；从2015年起，全面实施烟花爆竹“禁放”，春节期间全市空气质量明显改善；今年8月，我市出台“大气管控40条”，举措更严，力度更大，相信大蓝鲸的天空也将更美。
尽心尽力保清水。认真贯彻落实国家、省“水十条”要求，出台了《南京市水污染防治行动计划》，全面推进治水攻坚战。深入开展长江流域、太湖流域整治，2013年以来全市累计实施“治太”项目677个。全面实施“河长制”和“断面长制”，全市901条河道、251座水库、10个湖泊和部分小微水体全部纳入“河长制”管理。截止2018年，完成4832个片区雨污分流工程，建成203公里污水主次干管，实施一批污水处理厂提标改造项目，重点整治150条黑臭河道，建成区基本消除黑臭水体。启动消除劣Ⅴ类水体行动，先后完成百水河、幸福河等60条河道水环境提升工程。南京正以坚定不移的决心、前所未有的力度、愚公移山的精神，进行一场全民皆兵的治水新长征。
更大力度护净土。出台实施南京“土十条”，实施10条45项重点任务，有序推进各项工作。开展搬迁工业场所风险识别，完成搬迁或关停工业企业退役场地的梳理筛查；加快启动污染状况调查，大力推进煤制气厂二期、固碱厂等一批地块污染场地修复；建成江南、江北两个生活垃圾焚烧厂，焚烧处理垃圾达到6800吨/日；全市危废焚烧处置能力提高到5万吨/年，基本满足全市危废集中焚烧处置需求。
落实长江大保护。一是落实“共抓大保护、不搞大开发”要求。出台实施《滨江生态环境保护要点》和《长江经济带生态环境保护实施方案》；对11类重点行业全面推进达标排放，完成45家企业超标排放问题整治。二是加强饮用水源地保护。对全市10个集中式饮用水水源地开展了两轮排查，排查出的17个问题和生态环境部交办的4个问题全部整改完成。三是严守生态红线保护要求。完成省级生态红线校核工作，推进“三线一单”任务编制；开展绿盾2018行动，对全市各自然保护区存在的问题进行摸排整治。四是开展长江环境风险排查。对270余家化工生产企业全面开展问题排查。
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